L'Istituto Comprensivo Centro 3 di Brescia è nato nel 2015, a seguito della riorganizzazione del sistema scolastico cittadino.
L'istituto è nato dalla fusione di scuole esistenti, che erano state fondate in epoche diverse.
- La scuola primaria "Manzoni" è stata fondata nel 1890 per rispondere alla crescente domanda di istruzione elementare nella città. L'edificio scolastico, che si trova in via dei Mille, è un elegante palazzo neoclassico. La scuola è intitolata al poeta Alessandro Manzoni, che è nato a Brescia nel 1785.
- La scuola primaria "Calini" è stata fondata nel 1920 per rispondere al bisogno di nuove scuole primarie in città. L'edificio scolastico, che si trova in via Calini, è un edificio moderno. La scuola è intitolata al patriota e politico bresciano Cesare Calini.
- La Scuola Primaria "Crispi", situata nel quartiere di San Polo, fondata nel 1930.
- La scuola secondaria di primo grado "Mompiani" è stata fondata nel 1862 per rispondere alla crescente domanda di istruzione secondaria di primo grado nella città. L'edificio scolastico, che si trova in via Mompiani, è un edificio storico. La scuola è intitolata al patriota e politico bresciano Pietro Mompiani.
Fa parte dell'Istituto anche la Scuola in ospedale situata all'interno dell'Ospedale Civile di Brescia: scuola che offre un servizio educativo a bambini e ragazzi ricoverati in ospedale.
La fusione ha permesso di creare un istituto scolastico più efficiente e in grado di offrire un'offerta formativa più completa.
Oggi, l'Istituto Comprensivo Centro 3 di Brescia è un istituto scolastico moderno e inclusivo che offre un'offerta formativa ricca e diversificata, che risponde alle esigenze di tutti gli studenti.
L'istituto promuove la cultura e la cittadinanza attiva. Organizza numerosi progetti e iniziative che hanno l'obiettivo di educare i giovani al rispetto dei diritti umani, alla convivenza civile e alla sostenibilità ambientale.
Promuove la cultura della diversità e dell'inclusione, e si impegna a garantire un'istruzione di qualità a tutti gli studenti, indipendentemente dalle loro origini o condizioni socio-economiche.
Nel corso degli anni, l'Istituto Comprensivo Centro 3 ha ottenuto numerosi riconoscimenti per la qualità del suo lavoro.
Nel 2022, l'Istituto è stato insignito del titolo di "Scuola Polo provinciale Inclusione".