La sede principale dell'I. C. Centro 3 di Brescia è il Plesso della Scuola Primaria "Manzoni" che si trova in via dei Mille 4/b. Il plesso ospita la Direzione, gli uffici di segreteria e le classi della Scuola Primaria.
La Scuola Primaria è ospitata in tre diversi plessi:
Plesso CALINI Plesso CRISPI Plesso MANZONI
La Scuola secondaria di primo grado è ospitata nel plesso Mompiani:
Plesso MOMPIANI
L'Istituto opera anche in cinque reparti del Presidio Ospedale dei bambini, funzionante presso gli Ospedali Civili di Brescia
La Scuola in Ospedale